Molecular Universe

界面操作说明

顶部菜单栏

主页：展示两种位置编码方式下的3D分子散点图。每个画布中，鼠标左键拖动旋转，滚轮缩放，点击右下角可以放大。鼠标悬浮在粒子上可查看分子简介。点击粒子可查看分子详情。
数据概览：展示138种气味标签对应的标签分子数分布条形图，以及TopN标签下的标签分子数分布条形图、分子标签数分布条形图、标签共现热力图、标签-特征热力图、标签共现和弦图、分子量小提琴图。每个图表支持悬浮提示、放大显示与下载SVG。除分子标签数分布图外，均支持点击筛选。
分子对比：可对比当前加入已对比分子的结构、标签和特征，点击可跳转至对应分子详情。
信息查询：支持SMILES全名或标签全名检索分子，点击可跳转至对应分子详情。

左侧操作面板

数据集选择：默认读项目根目录；若根目录不存在会自动再尝试 data/ 同名路径。单文件选 *.json，分片选 *.manifest.json。
主题切换：可切换浅色/深色主题。
TopN聚焦模式：可设置高频标签的数量，切换高亮模式。
清空筛选：可清空当前筛选。
降维方式：可选择PCA、t-SNE或UMAP降维方式。
SMILES/散点切换：可切换显示分子SMILES或仅显示分子点。
共现排行榜：展示气味标签共现/气味+特征标签共现数目排行榜Top12，点击可筛选对应的两个标签。
气味标签筛选：可选择感兴趣的气味标签进行筛选。
特征筛选：可选择感兴趣的分子特征进行筛选。
分子量范围滑块：控制显示分子的最大分子量。
分子数目上限滑块：控制显示的最大分子数目。
渲染模式：hybrid_lod 为混合 LOD；full_image 为压力测试；chunk_mode 为分片加载。分片失败时会弹窗询问是否回退单文件。
相似推荐：优先读取邻居分片（TopK）。现在即使是 hybrid_lod/full_image 也会尝试自动挂载同名 manifest 的邻居数据；若没有邻居分片，推荐列表为空。
分子图显示：hybrid_lod/full_image 才显示 LOD 分子图片；chunk_mode 以分片加载稳定性为主，不展示 LOD 分子图片（可配合 SMILES 显示）。
性能实验：采样与导出性能日志，详见仓库 docs/performance-benchmark.md。

右侧信息面板

分子详情：显示分子SMILES、IUPAC名称、2D结构图、气味标签云和特征标签云。其中气味标签云和特征标签云可点击筛选。点击复制可复制分子SMILES。点击加入对比可将分子加入对比。

视觉编码说明

主页视觉编码说明

点颜色：表示为气味标签。可在左侧切换TopN高频标签模式或全部色彩模式。

当选中标签（特征）的数目为1时，全部红色高亮。
当选中标签（特征）的数目大于1时，有其中一种标签（特征）的显示为彩色，包含全部选中标签的标识为红色高亮。

点大小：表示分子量大小。
点坐标：共有基于分子指纹的（结构空间）以及基于分子气味标签的（气味空间）两种方式表示点位置，可选择PCA、t-SNE或UMAP降维方式。
图例:左侧为点的颜色表示的气味特征，红色边框为当前筛选。中间为分子量大小示意。右侧指示红色为共现。

数据概览界面视觉编码说明

标签分子数分布条形图：每个柱表示TopN/Top138标签下每个气味标签的分子数分布，颜色表示气味标签，和主界面颜色对应，选中的标签颜色变为粉红色。
分子标签数分布条形图：每个柱表示TopN标签下每个气味标签的分子数分布。
标签共现热力图：横轴和纵轴均表示气味标签，标签每个格表示TopN标签下气味标签共现次数，两个标签共现次数多颜色深。
标签-特征热力图：横轴表示特征标签，纵轴表示气味标签，每个格表示TopN标签下特征出现次数，两个标签共现次数多颜色深。
标签共现和弦图：每个环形分段表示TopN标签下每个气味标签，颜色表示气味标签。每条弦表示Top20标签间的共现关系，弦宽代表共现次数。
分子量小提琴图：横轴表示气味标签，纵轴表示分子量大小。每个小提琴表示Top20标签下平均分子量分布，颜色表示气味标签。

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分子结构-气味可视化